فرض کنیم میخوایم یک فصل از یک کتاب رو توی یک کتابخونهی خیلی بزرگ 59,715 جلدی رو 9^10 بار تکثیر کنیم. خب، باید به کتابخونهدار مشخصات اون فصل و کتاب رو بدیم تا اول پیدا و بعد کپی کنه. هرچی مشخصات دقیقتر باشه، کتابخونهدار، کتاب رو سریعتر پیدا میکنه. این وظیفهی پرایمرها توی همانندسازی DNA و واکنش زنجیرهای پلیمراز هست.
واکنش زنجیرهای پلیمراز یا همون PCR، دومین روش اصلی در مطالعهی ژنهاست که کاربردهای متعددی در تحقیقات ساده تا پیشرفتهی ژنتیک و حیطههای متنوعی در زیستشناسی دارد.
هرچقدر پرایمر طراحیشده برای انواع مختلف PCR دقیقتر باشه، دقیقتر به اول و آخر ژن هدف ما میچسبه و بهتر تکثیر میشه. اگر طراحی پرایمر غلط باشه، بعد از صرف زمان و هزینهی مربوط به سنتز پرایمر و انجام PCR، دوباره مجبور میشیم پرایمر رو طراحی کنیم.